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落地式高速冷冻离心机分离细胞时，一般在常温下进行。在常温下细胞的功能处于最佳状态，分离温度接近常温有利于保持细胞的完整性。

某些细胞在离心操作过程中会破坏，所释放出的胞内酶对细胞有不同程度的破坏。在解离固体组织中的细胞时，会使用蛋白水解酶。在随后的清洗过程中，若这些酶从游离细胞中未彻底清除，它们会对细胞继续作用。所以有时在4℃下进行分离，目的是抑制这些酶的活性。