1、发酵舍管理
猪舍中的锯屑变少时，适当补充缺少部分，并同时补充发酵床专用菌种粪便秸秆发酵剂。为利于猪拱翻地面，猪的饲料喂量应控制在正常量的80%，当粪、尿成堆时挖坑埋上即可。地面湿度必须控制在60%，应经常检查，如水分过多应打开通风口，利用空气调节温度。另外，平时发现猪大便堆积得比较多时，把它向空地撒一撒，便于充分分解。另外，地面不能太干燥，就是既要保持很松散，但是又不能有扬灰，不能有灰尘扬起来，否则猪容易得呼吸道病。在特别湿的地方加入适量新的锯末屑、稻谷壳粉，锯末屑、稻谷壳粉各50%。用叉子或便携式犁耕机把比较结实的垫料翻松，把表面凹凸不平之处弄平，猪全部出栏后，最好垫料放置干燥2-3日；将垫料从底部反复翻弄均匀一遍，看情况可以适当补充发酵床菌种混合物，重新堆积发酵，间隔24小时后即可再次进猪饲养。饲养密度：单位面积饲养猪的头数过多，床的发酵状态就会降低，不能迅速降解、消化猪的粪尿，一般每头猪占地1.2～1.5平方米。
2、饲养管理
发酵舍养猪饲养管理，与传统养猪模式没特殊的地方。
1）与传统养猪一样，首先要打好疫苗，控制疾病的发生；
2）进入发酵舍前必须做好驱虫工作；
3）进入发酵舍猪大小必须较为均衡，健康；
4）保持适当的密度：养猪的头数过多，发酵床的发酵效果就会降低。一般7-30kg的猪0.8-1.2平方米/头，30-100kg的猪1.2 -1.5 平方米/头 ；
5）使用发酵床菌种之二营养搭档伴侣厌氧发酵的生物饲料；
6）注意通风管理，带走发酵舍中的水份，天气闷热时，开启风机强制通风，以达到防暑降温目的；
7）日常检查猪群生长情况，把猪太小的猪挑出来，单独饲养。
3、发酵床垫料养护的注意事项
1）通风：室内应保证良好通风。
2）通透性管理：应将垫料经常翻动，翻动深度25cm左右，通常可以结合疏粪或补水将垫料翻匀。
3）垫料补充：通常垫料减少量达到10%后就要及时补充，补充的新料要与发酵床上的表层垫料混合均匀，并调节好水分。
4）湿度控制：垫料合适的水分含量通常为45~60%，应经常检查，如水分过多应打开通风口，利用空气调节温度。床面不能太干燥，常规补水方式可以采用加湿喷雾补水，也可结合补菌时补水。
5）喂料：为利于猪拱翻地面，猪的饲料喂量应控制在正常量的80-90%。可定时定量，亦可自由采食。
6）温度控制：夏季翻撬频次降低（7-15天一次），冬季频次增加（5-7天一次）。夏季如室温过高，可采取强制通风、水帘降温、喷雾降温等措施。
7）发酵条件：发酵条件（发酵床专用菌、通透性、营养物、湿度、酸碱度等）最优处者先发酵而且快发酵，发酵条件劣者后发酵而且慢发酵。
8）消毒：利用发酵床养猪，猪只本身很少得病，连感冒的机会都很少。但当遇到局部、地区性、或全国性的大的疫病流行，或整个猪场需全面消毒处理时，则仍可进行正常消毒，正常消毒几乎不影响发酵床的工作。消毒液只是对表层部分的功能微生物有点影响，不会对整个发酵床数以亿万计的功能微生物造成什么威胁。
9）防疫：应用发酵床养猪技术，正常的免疫程序不可减少，特别是规模化养猪场尤为重要，但抗生素等药品的用量可逐步减少，减少量一般可达到50%以上，规模化猪场全部采用该项技术，正常运行半年以后，药品使用量还会锐减。
生态环保养猪法的优点概括为：五省、四提、三无、两增、一少、零排放。五省：省水、省工、省料、省药、省电。四提：提高猪肉品质、提高生猪抵抗力、提前出栏、提高肉料比。三无：无臭味、无蝇蛆、无环境污染。两增：增加经济效益，增加生态效益。一少：减少猪肉药物残留。零排放：猪粪尿全部在猪舍内降解，没有污水和粪便向外排放
